Inciensa identifica variante Delta del SARS-CoV-2 en el país

20 julio de 2021. En el proceso de vigilancia genómica del SARS-CoV-2 el Inciensa detectó ayer los primeros 16 casos de la variante Delta en el territorio nacional, se trata de 12 costarricenses y cuatro extranjeros. Un total de once casos corresponden a mujeres con edades comprendidas entre los 16 y 64 años y cinco hombres con edades entre 21 y 34 años.

Los pacientes se identificaron entre la semana epidemiológicas 24 (13 al 19 de junio) y 27 (4 al 10 de julio). Siete personas se encuentran recuperadas, nueve aún están en proceso de recuperación del virus. Ninguna de las personas ha requerido hospitalización, ni ha fallecido. Fiebre, tos y cefalea son los síntomas que más han presentado:

Signos y síntomas registrados en la población con variante Delta
Signos y Síntomas	Porcentaje
Fiebre	22,92%
Tos	20,83%
Cefalea	16,67%
Odinofagia	10,42%
Mialgias	8,33%
Artralgias	6,25%
Congestión Nasal	4,17%
Debilidad	2,08%
Escalofríos	2,08%
Vómitos	2,08%
Dificultad Respiratoria	2,08%
Anosmia	2,08%

De los 16 positivos por Delta, tres pacientes se encontraban vacunados: dos con Pfizer y uno con Johnson y Johnson. Los vacunados con Pfizer ya habían superado los 14 días posterior a la inmunización, mientras que la persona vacunada con Johnson y Johnson contabilizaba 10 días posteriores a su inmunización.

Los casos presentaron una amplia distribución geográfica como se detalla a continuación:

-En la provincia de Alajuela 5 casos:

2 en el cantón de San Carlos

1 en Alajuela centro

1 en Guatuso

1 en San Ramón.

-En la provincia de San José 5 casos:

3 en el cantón de San José

1 en Desamparados

1 en Pérez Zeledón.

 

-En Puntarenas 2 casos:

1 en el cantón Central

1 en Corredores.

-En Heredia 2 casos:

1 en Barva

1 en el cantón Central.

-En Limón 1 caso en el cantón Central

-En Cartago 1 caso en El Guarco.

Con respecto a antecedentes viaje fuera del país, tres casos refirieron haber viajado a: Nicaragua, México y Estados Unidos, además de un turista de origen alemán.

Análisis Genómico

El análisis genómico documentó las variaciones moleculares propias de la variante Delta: sustituciones en la proteína de la espícula L452R, T478K, P681R, T19R y la deleción en la posición 157-158. Al comparar los genomas entre sí se evidenció un clúster de dos casos en San Carlos (cuyos genomas eran indistinguibles y otro clúster (con genomas indistinguibles) conformado por dos pacientes: uno residente en Heredia Centro y otro referido por el área de salud de El Guarco. Así mismo, la variabilidad en los genomas estudiados sugiere que en todos los casos se debe al menos a siete introducciones distintas de esta variante en el territorio nacional.

Inciensa implementó un tamizaje molecular de todas las muestras enviadas por laboratorios públicos y privados para vigilancia genómica de SARS-CoV-2, mediante el cual se determina la presencia de las variantes de preocupación ya detectadas (Alpha, Beta y Gama). Esta identificación previa mediante tamizaje molecular, “permite intensificar la caracterización por secuenciación de genoma completo para aquellas muestras positivas por SARS-CoV-2 que no corresponden con las variantes Alpha, Beta o Gamma”, explicó el microbiólogo, Francisco Duarte, coordinador del laboratorio de Genómica del Inciensa.

Al respecto, Duarte dio como ejemplo que del 27 de junio al 3 de julio pasados (periodo correspondiente a la semana epidemiológica 26), “de todas las muestras positivas por SARS-CoV-2, analizadas por este tamizaje, el 90% pertenecían a las variantes antes mencionadas, al lograr esto se puede priorizar, la búsqueda de otras variantes del SARS-CoV-2, importantes en salud pública, como en este caso la Delta, entre otras”.

 “En este momento es clave para la prevención y control de la covid-19 seguir aplicando las medidas recomendadas por la Organización Mundial de la Salud (OMS) y el Ministerio de Salud que ya todos conocemos, pero que son indispensables para contener la transmisión de la enfermedad: el lavado de manos, adecuado y frecuente; el uso de mascarilla, el distanciamiento social y el protocolo de tos y estornudo. Ahora más que todos los meses anteriores es sumamente necesario aplicar lo anterior, ante la alta transmisibilidad que caracteriza la variante Delta”, subrayó finalmente el Dr. Duarte.